A l'époque de Flaubert le jardin était un lieu d'agrément.
En 1995, Arlette Dubois, conservatrice du musée, a eu l'idée d’y créer un jardin des plantes médicinales en correspondance avec les pots de pharmacie du musée. Les plantes étaient classées selon leur indication thérapeutique.
En 2012, Marie-Odile Simottel, présidente de l’association des Amis du Musée, a proposé à Arlette Dubois ses services pour améliorer l'aspect du jardin. Les parties réservées aux plantes médicinales ont été agrandies, des piquets en fer forgé pour soutenir des pancartes où était écrit le nom des plantes ont été installés.
Puis la rencontre avec Elizabeth Chosson et Marie-Laure Groult, deux enseignantes-chercheurs en botanique à l'UFR de Médecine-Pharmacie de Rouen a permis un tournant dans l'évolution du jardin. Une sélection des plantes a été faite pour ne conserver que les plantes actuellement utilisées en pharmacopée, en aromathérapie, en phytothérapie et en homéopathie. Ce nouveau jardin a été baptisé "Jardin des Dames" en rapport avec les thématiques du musée sur les femmes :
- plantes médicinales : toutes les plantes (ou leur principe actif) présentes sont encore utilisées en allopathie, en phytothérapie, en aromathérapie ou en homéopathie ;
- plantes condimentaires et aromatiques ;
- plantes utilisées en cosmétologie ;
- plantes tinctoriales et textiles.
Grâce à un travail d’Anne-Claire Lehongre qui a obtenu sa thèse de docteur en pharmacie sous la direction d'Elizabeth Chosson, en juillet 2018, des étiquettes avec QRcodes faisant le lien avec un site existant « Smart Jardin » ont été réalisées et ont permis ainsi de créer le premier jardin connecté de Rouen.
Ce jardin connecté a été inauguré en juin 2017 pour les rendez-vous au jardin.
En 2019, les premières pancartes ont été remplacées par des ardoises sur lesquelles ont été placés des QRcodes autocollants (fournis par la faculté).
Tous ces aménagements n'ont pu se faire que grâce à la générosité et à la disponibilité de quelques adhérents de notre association.